در طول یک ماموریت کاری، استیو مارتین، خبرنگار خارجی، در توکیو توقف می‌کند و در میان ویرانگری‌های یک هیولای پیش از تاریخ مهارنشدنی که ژاپنی‌ها آن را «گودزیلا» می‌نامند، گرفتار می‌شود. تنها امید ژاپن و جهان به یک سلاح مخفی بستگی دارد که ممکن است حتی مخرب‌تر از خود هیولا باشد.

در سال ۱۹۷۶، کشف می‌شود که ستاره‌ای سرگردان به نام گوراث در مسیر برخورد با زمین قرار دارد. اگرچه این ستاره از زمین کوچک‌تر است، اما جرم عظیم آن برای نابودی کامل سیاره کافی است. مأموریتی که برای مشاهده گوراث اعزام شده بود، پس از کشیده شدن سفینه به داخل ستاره نابود می‌شود و مأموریت بعدی نیز به سختی از همان سرنوشت می‌گریزد. با این حال، فضانورد تاتسوما کانای به دلیل تجربه نزدیک به مرگش در وضعیت بهت‌زدگی و کاتاتونیک رها می‌شود. دانشمندان زمین که قادر به نابودی ستاره مهاجم نیستند، نقشه‌ای ناامیدانه برای ساخت راکت‌های غول‌آسا در قطب جنوب اجرا می‌کنند تا پیش از آنکه خیلی دیر شود، سیاره را از مسیر گوراث خارج کنند.

یک سفر اکتشافی زیردریایی برای نجات بقایای مگاگودزیلا توسط دایناسور عظیمی به نام تیتانوسوروس خنثی می‌شود. تحقیقات اینترپل باعث می‌شود تا یک زیست‌شناس به نام ایچینوسه از کارهای دکتر مافونه و دختر مرموزش کاتسورا پرده بردارد. با هم‌پیمان شدن کاتسورا با بیگانگان سیاهچاله، زندگی او با این ماشین احیاشده گره می‌خورد.

هنگامی که یک کاوشگر فضایی در یک جزیره مرجانی دورافتاده در اقیانوس آرام سقوط می‌کند، موجودات بیگانه پنهان‌شده در سفینه تصمیم می‌گیرند دنیای جدید خود را موجود به موجود تسخیر کنند. به زودی، این چرخه‌های حیات انگلی به سه موجود بومی یعنی یک ماهی مرکب، یک خرچنگ و یک لاک‌پشت گازگیر می‌چسبند و آن‌ها را به هیولاهای جهش‌یافته غول‌پیکر تبدیل می‌کنند.

فوران یک آتشفشان عظیم زیرآبی، گروهی از دانشمندان محقق را به خطر می‌اندازد. آن‌ها توسط یک ابرزیردریایی اتمی به نام آلفا به فرماندهی کاپیتان مک‌کنزی نجات می‌یابند. این گروه به‌سرعت به شهر زیرآبی پهناوری به نام عرض جغرافیایی صفر برده می‌شوند؛ یک آرمان‌شهر شگفت‌انگیز شبیه به آتلانتیس در اعماق اقیانوس که خورشید مخصوص به خود را دارد. به‌زودی مشخص می‌شود که کاپیتان مک‌کنزی در حال جنگ با دکتر مالیک شرور است؛ دانشمند سنگدلی که می‌خواهد بر بشریت حکومت کند و در عین حال دست به آزمایش‌های ژنتیکی روی انسان‌ها و حیوانات می‌زند. مالیک مأموران خود را می‌فرستد تا دکتر اوکادا را بربایند؛ دانشمندی که سرمی برای مصون‌سازی در برابر تشعشعات رادیواکتیو ساخته است.

ایچیرو میکی کودکی است که در منطقه صنعتی کاوازاکی زندگی می‌کند؛ جایی که تلاش مداوم والدینش برای تامین مخارج زندگی، اغلب این دانش‌آموز را تنها می‌گذارد. او که مدام توسط قلدری به نام گابارا اذیت می‌شود، تنها دوستانش شینپی، طراح اسباب‌بازی، و همکلاسی‌اش ساچیکو هستند. ایچیرو به رویاهای فرار از واقعیت در جزیره هیولاها پناه می‌برد، جایی که با مینیلا، هیولای دیگری که او هم مورد آزار و اذیت قرار می‌گیرد، دوست می‌شود.

در آغاز قرن جدید، تمام هیولاهای زمین جمع‌آوری شده و به طور ایمن در جزیره هیولاها نگهداری می‌شوند. اما زمانی که یک نژاد از زنان بیگانه فضایی به نام کیلاکس‌ها هیولاها را در سراسر جهان رها می‌کنند، هرج‌ومرج و آشوب به پا می‌شود.

گایرا، یک هیولای دریایی انسان‌نما که از سلول‌های دور ریخته شده هیولای فرانکنشتاین به وجود آمده، به سواحل توکیو حمله می‌کند. در حالی که ارتش ژاپن خود را برای اقدام آماده می‌کند، برادر گارگانتوایی گایرا یعنی ساندا، از کوهستان پایین می‌آید تا از هم‌نوع خود دفاع کند. نبردی میان خیر و شر درمی‌گیرد که برادران را روبروی هم قرار می‌دهد و شهری را به ویرانه تبدیل می‌کند.

فضانوردان، گلن و فوجی، درباره سیاره ایکس تحقیق می‌کنند و با بیگانگان مرموزی به نام زیلین‌ها مواجه می‌شوند که از مردم زمین می‌خواهند برای نجات دنیایشان از دست «هیولای صفر» به آن‌ها کمک کنند. زیلین‌ها در ازای قرض گرفتن گودزیلا و رودان، داروی درمان سرطان را پیشنهاد می‌دهند. در حالی که گلن مشغول تحقیق است، رابطه‌ای عاشقانه با دوشیزه نامیکاوا آغاز می‌کند و از نیت واقعی زیلین‌ها پرده برمی‌دارد.

پس از اینکه یک شهاب‌سنگ هیولایی سه سر را در توکیو رها می‌کند، ماترا تلاش می‌کند تا با گودزیلا و رودان متحد شود تا با این تهدید فرازمینی مبارزه کند.

ایچیرو ساکای و جونکو، دو روزنامه‌نگار، در حال پوشش خبری خسارت‌های یک طوفان هستند که تخم غول‌پیکری پیدا می‌شود و کارآفرینان طماع ادعای مالکیت آن را می‌کنند. پری‌های موترا از راه می‌رسند و با کمک این روزنامه‌نگاران خواستار بازگرداندن آن می‌شوند. با رد درخواست آن‌ها، گودزیلا در نزدیکی ناگویا ظاهر می‌شود و مردم جزیره اینفنت باید تصمیم بگیرند که آیا حاضرند به درخواست‌های کمک خود ژاپن پاسخ دهند یا خیر.

پنج مسافر و دو خدمه در یک جزیره استوایی نزدیک به خط استوا سرگردان می‌شوند. این جزیره غذای خوراکی کمی دارد و آن‌ها تلاش می‌کنند در یک کشتی مخروبه پوشیده از قارچ زندگی کنند و در عین حال قایق تفریحی کیسی را تعمیر کنند. در نهایت، آن‌ها بر سر جیره غذایی که توسط خدمه قبلی به جا مانده است با هم درگیر می‌شوند. به زودی آن‌ها متوجه حضور چیزی نامهربان در آنجا می‌شوند...

پیدا شدن بازماندگان یک کشتی‌شکسته در جزیره اینفنت که گمان می‌رفت غیرمسکونی باشد، منجر به اعزام یک گروه علمی می‌شود. آن‌ها یک جمعیت بومی بازمانده را به همراه شوبيجين، پری‌های کاهنه و کوچک دوقلوی الهه افسانه‌ای جزیره به نام موترا، کشف می‌کنند. پس از اینکه پری‌ها توسط یک تاجر استثمارگر به نام کلارک نلسون ربوده می‌شوند، موترا برای نجات آن‌ها به راه می‌افتد.

یک آزمایش علمی ناموفق به یک کتابدار توانایی تبدیل شدن به ماده‌ای گازی‌شکل را می‌دهد. او برای تامین مالی فعالیت حرفه‌ای دوست‌دختر رقصنده‌اش دست به سرقت از بانک‌ها می‌زند و هر کسی را که مانعش شود به قتل می‌رساند. اکنون او به تحت تعقیب‌ترین جنایتکار توکیو تبدیل شده است؛ آیا مقامات می‌توانند جلوی او را بگیرند؟

در ژاپن، مهاجمانی با فناوری‌های پیشرفته علمی از سیاره جنگ‌زده و نابودشده مایستروید، باعث ناپدید شدن یک روستای کامل می‌شوند و سپس یک ربات غول‌پیکر را برای حمله شبانه به شهر می‌فرستند. آن‌ها پس از این اقدامات، با ادعای صلح‌طلب بودن، درخواست بخش کوچکی از زمین و حق ازدواج با زنان زمینی را مطرح می‌کنند. بشریت باید تصمیم بگیرد که تسلیم شود یا مقاومت کند.

مهندس معدن، شیگرو، درباره ناپدید شدن و مرگ همکارانش تحقیق می‌کند که حشرات ماقبل تاریخ در حال خروج از معادن کشف می‌شوند. پس از حمله به روستای محلی، شیگرو به اعماق معادن می‌رود تا با کشف هولناک‌تری در قالب یک موجود پرنده ماقبل تاریخ روبرو شود. به زودی هیولای دومی ظاهر می‌شود و این دو در فوکوئوکا به هم می‌رسند.

آزمایش سلاحهای هسته ای آمریکا موجب به وجود آمدن موجودی غول پیکر و دایناسور مانند می شود که غیر قابل توقف ا

دریاسالار ایسوروکو یاماموتو، یک تاکتیک‌دان برجسته، با وجود تردیدهای جدی‌اش درباره هدایت نیروی دریایی ژاپن به جنگ با ایالات متحده، خدمتگزاری وفادار به امپراتور است. او با حمله به پرل هاربر مخالفت می‌کند، اما پس از رد شدن نظرش، نیروهای خود را تا حد توانش به بهترین شکل هدایت می‌کند.